El Consejo de Administración de Renfe del 16 de febrero de 2006 aprobó un nuevo modelo de gestión de la Compañía, que avanza en la especialización por mercados y sectores, para acercar la gestión al cliente y contribuir a la consecución de los objetivos fijados en el Plan Estratégico 2005-2009 (ver organigrama).

Así, el nuevo modelo de gestión se configura con cuatro grandes Áreas de Actividad que, a su vez, se especializan hasta llegar a la gestión por Áreas de negocio específicas por mercados y sectores, tanto en el transporte de viajeros de alta velocidad-larga distancia y de cercanías y media distancia, como en el transporte de mercancías y en la actividad de fabricación y mantenimiento. Todas las Áreas de Actividad estarán dotadas de elementos de gestión específicos y cuentas de resultados propias.

Área de Actividad de Servicios de Cercanías y Media Distancia.
Afronta un contexto en creciente transición (la transformación del antiguo concepto de "trenes regionales", el esfuerzo inversor, el desarrollo del PEIT, la incorporación del producto de Alta Velocidad Media Distancia y la evolución del marco competencial de las administraciones públicas).

Se estructura en los núcleos de Cercanías de mayor peso específico (Madrid y Barcelona), un área de nueva creación para la especialización de la Alta Velocidad Media Distancia como actividad emergente y otras 9 áreas de negocio (las gerencias de Cercanías de Bilbao y San Sebastián, Asturias y Cantabria, Valencia y Murcia y, por último, Cádiz, Sevilla y Málaga y, en la actividad de Media Distancia, las gerencias Norte, Sur, Noreste, Noroeste y Centro-Este) que tendrán cuentas de resultados propias, lo que contribuirá en la cultura de responsabilidad y orientación a resultados.